Esto lo he solucionado mirando una solución de andopes.

- En cada módulo existe este archivo "/modules/MODULE_NAME/Menu.php " que contiene por defecto los shortcuts que te crea el sistema.
- Para añadir nuevos elementos tenemos que ir a "custom/Extension/modules/<ModuleName>/Ext/Menus/menu.ext.php", probablemente la ruta completa no exista por lo tanto habrá que construirla.
- La estructura del nuevo archivo es igual que "Menu.php" pero habrá que añadirle las nuevas opciones que queramos.

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Efectivamente compañero,
me permito añadir que segun creo menu.ext.php lo crea automaticamente al reparar sugar, dependiendo de los ficheros que haya en ese mismo directorio..
Es decir, en el directorio menus puedes crear varios .php con menus personalizados y al reparar el te genera solo el menu.ext.php que es el que vale, con la suma de todos.. (Por lo menos eso dice la documentacion).
En cualquier caso si se crea a mano tal y como dices va perfecto!

Un saludo!