Que tal, en este caso tengo un modulo custom, el cual tiene relaciones 1 a N con otros dos modulos custom también.

Lo que quiero realizar es que el primer módulo en cuestión deje de estar visible pero no el subpanel de una de las dos relaciones.

Por ejemplo: tengo un Modulo Paquetes, que esta relacionado con Contenidos (1-N) y con Medidas (1-N). Necesito hacer invisible el modulo Paquetes pero que cuando seleccione un contenido X me aparezca el subpanel con todos los links a los Paquetes del contenido 'X', y sin embargo cuando deseo ir a una medida 'Y' , No me aparezca el subpanel con los paquetes de esa medida 'Y'.

Se entiende?
Saludos! y graciass

etto...
creo que capte lo que quieres decir
prueba con en las preferencias del usuario ocultar la pestaña

de esa forma no van a tener acceso directo al modulo pero si a crear y ver
si tampoco quieres que se pueda ver ni crear vas a tener que escribir un poco mas de codigo pero espero primero que respondas si queres que el usuario a pesar de no poder acceder al modulo puede crear y ver elementos de el modulo en cuestion